«Servir, y no servirse; representar, y no suplir; construir, y no destruir; proponer, y no imponer; convencer, y no vencer; bajarse, y no subirse». Estos principios de poder, enunciados por el Congreso Nacional Indígena, son muestra de las diferencias que existen entre las formas de gobernar en este tipo de comunidades de los pueblos originarios de América Latina y los sistemas de gobierno occidentales.

Los reclamos por las autonomías territoriales indígenas se extienden al periodo de conquista colonial, marcado por la búsqueda de respeto a sus derechos, recursos naturales y territorios en un periodo en el que eran sometidos a explotación, asesinatos y marginación. Las luchas por los requerimientos autonómicos comenzaron a situarse como demanda central de estos pueblos durante los años noventa del pasado siglo, cobrando fuerza durante el XXI bajo la presión del colonialismo interno, convirtiéndolos en procesos de resistencia y emancipación.

En la actualidad, los planteamientos de los pueblos originarios mantienen su raíz de conservar y defender sus territorios y recursos naturales frente a la amenaza capitalista interesada en convertirlos en mercancías. La falta de interés por parte de las élites por integrarlos en el proyecto nacional es otro factor que ha influido en la supervivencia y renovación de estas formas de gobierno. Además, la existencia de este tipo de movimientos sociales plantea un reto y problema para los políticos y grupos económicos dominantes, al buscar y a la vez ofrecer una alternativa a la crisis de los sistemas de gobierno de los estados nacionales.   

Estos elementos no son los únicos que influyen en la búsqueda de autonomía por las diferentes comunidades indígenas de la región. Los reclamos autonómicos son expresiones de independencia parcial del gobierno regional o nacional frente a la incapacidad de estos de garantizar sus derechos fundamentales o sobre la base de que obvian sus particularidades y reclamos. En la mayoría de los ejemplos de formas de autogobierno o autonomías indígenas, la línea central es la de conservar sus tradiciones e identidad, sin ceder a imposiciones mediante el mantenimiento de sus propias normas.

En lo referido a la identidad y a las características en las que se asientan los pueblos originarios, la comunidad puede verse como un espacio en el que convergen las personas en relación y transformación con la tierra y la naturaleza. Estos pueden no compartir una visión del mundo o una religión, pero son los intereses, actividades y perspectivas los que conforman un sentido de pertenencia a la comunidad y de identidad compartida.     

El sistema normativo que sustenta los procesos autonómicos de las comunidades indígenas es el de «usos y costumbres», entendido no como un código informal de creencias comunes, sino como un sistema conformado a través de los siglos mediante la convergencia de los elementos prehispánicos de las diferentes comunidades, unido a la asimilación de elementos coloniales y el resto de las influencias del estado moderno. Este sistema destaca por su carácter formal y consensuado y el valor jurídico de sus normas. Es por ello que no se puede hablar de autonomía sino de autonomías de los pueblos originarios, y no se puede obviar el carácter pluriétnico de las comunidades.     

Los ejemplos de gobiernos autonómicos de los pueblos originarios en América Latina son tan variados como las propias comunidades que los conforman, aunque uno de los más conocidos es el de las comunidades zapatistas en México. La experiencia mexicana es una de las expresiones de los reclamos de los pueblos originarios, caracterizados por la construcción de las autonomías fuera del Estado nacional existente, en tanto este niega los derechos legítimamente reclamados desde la firma de los Acuerdos de San Andrés.

Otro ejemplo es Bolivia, que posee un proyecto de Estado que establece el ejercicio autonómico como un derecho prioritario para la construcción institucional del mismo, basado en la llamada refundación del estado boliviano. La Constitución del país contempla el derecho de las naciones y pueblos indígenas a la autonomía, al autogobierno a su cultura, al reconocimiento de sus instituciones y a la consolidación de sus entidades territoriales en el marco de la unidad del Estado.

Una expresión de los «usos y costumbres» lo constituye el sistema de cargos, una forma del autogobierno local que busca una horizontalidad en la organización de las comunidades desde la máxima de «mandar obedeciendo». Los servidores públicos son elegidos cada cierto tiempo, no reciben ninguna remuneración por sus servicios, consideran el honor de servir compensación adecuada por el periodo en que desempeñen su labor, elementos diametralmente diferentes a los que se presentan en los cargos públicos de los estados modernos.

Otra figura característica de las autonomías de los pueblos originarios son las asambleas comunitarias, instituidas como autoridad máxima colectiva en las que las decisiones se toman por consenso, buscando equilibrio y cohesión entre los intereses y reclamos de todos los individuos.

Un elemento a tener presente al abordar las autonomías de los pueblos originarios es la diversidad de reclamos de cada comunidad, aunque se pueden establecer pautas comunes como las que señala el autor Francisco López en su texto Las autonomías indígenas en América Latina:

De ahí que sea explicable y lógico que los movimientos indígenas no sólo exijan derechos individuales para las personas indígenas sino también colectivos, para los pueblos de los que forman parte; que no limiten su exigencia a que las instituciones estatales cumplan sus funciones sino que se los mismos estados se transformen; que no reclamen tierras sino territorios; que no demanden que les permitan usufructuar los recursos naturales que se encuentran en sus territorios sino la propiedad de ellos; que no reclamen participar en los órganos estatales sino reconocimiento de su propios gobiernos, que no sólo se les administre justicia conforme a derecho estatal sino se reconozca su derecho a administrar justicia por ellos mismos y de acuerdo con su derecho propio; que no busquen que haya planes de desarrollo para ellos sino que se reconozca su derecho a diseñar su propio desarrollo; que no sólo les lleven la cultura dominante sino que también se reconozca y respete la suya. Los pueblos indígenas no quieren seguir siendo colonias sino pueblos con plenos derechos.

Las autonomías indígenas son un sistema dinámico que ha evolucionado a partir de la interacción social, basadas en una indiscutible legitimidad del proceso. Por su parte, la estructura fundamental de las formas de gobierno constituye una defensa de los pueblos originarios ante la asimilación de sus culturas sobre la base de mecanismos de solidaridad.